نمایش مبدأ برای اپلس

میدان نیروی '''اُپلس (به انگلیسی OPLS)''' (پتانسیل های بهینه شده برای شبیه سازی مایع) توسط پروفسور ویلیام ال یورگنسن در [[دانشگاه پردو]] و بعداً در [[دانشگاه ییل]] توسعه داده شد.

== فرم عملکردی ==
فرم عملکردی میدان نیروی اپلس بسیار شبیه فرم امبراست :

<math>E \left(r^N \right ) = E_\mathrm{bonds} + E_\mathrm{angles} + E_\mathrm{dihedrals} + E_\mathrm{nonbonded}</math>

<math>E_\mathrm{bonds} = \sum_\mathrm{bonds} K_r (r-r_0)^2 \, </math>

<math>E_\mathrm{angles} = \sum_\mathrm{angles} k_\theta (\theta-\theta_0)^2 \, </math>

<math>E_\mathrm{dihedrals} = \sum_\mathrm{dihedrals} \left( \frac {V_1} {2} \left [ 1 + \cos (\phi-\phi_1) \right ] 
        + \frac {V_2} {2} \left [ 1 - \cos (2\phi-\phi_2) \right ] 
        + \frac {V_3} {2} \left [ 1 + \cos (3\phi-\phi_3) \right ] 
        + \frac {V_4} {2} \left [ 1 - \cos (4\phi-\phi_4) \right ] \right)</math>

<math>E_\mathrm{nonbonded} = \sum_{i>j} f_{ij} \left(
          \frac {A_{ij}}{r_{ij}^{12}} - \frac {C_{ij}}{r_{ij}^6}
          + \frac {q_iq_j e^2}{4\pi\epsilon_0 r_{ij}} \right) </math>

با ترکیب قوانین <math>A_{ij} = \sqrt{A_{ii} A_{jj}}</math> و <math>C_{ij} = \sqrt{C_{ii}C_{jj}}</math> .

برهمکنش های غیر پیوندی درون مولکولی <math>E_\mathrm{nonbonded}</math> فقط برای اتمهای دارای سه پیوند یا بیشتر شمرده می شوند. 1،4 برهمکنشها توسط "فاکتور فاج" کاهش می یابد <math>f_{ij} = 0.5</math> ، در غیر این صورت <math>f_{ij} = 1.0</math> . تمام سایتهای برهم کنش بر روی اتمها قرار دارند. هیچ "جفت تنها" وجود ندارد.

== پارامتر سازی ==
چندین مجموعه از پارامترهای اپلس منتشر شده است.یک OPLS-ua (اتم متحد) وجود دارد که شامل اتم های هیدروژن در کنار کربن به طور ضمنی در پارامترهای کربن است و می تواند برای صرفه جویی در وقت شبیه سازی استفاده شود. OPLS-aa (تمام اتم ها) به طور مشخص شامل هر اتم است. انتشارات بعدی شامل پارامترهایی برای سایر گروههای کنشی خاص و انواع مولکولها مانند کربوهیدراتها است. شبیه سازی اپلس در محلول آبی معمولاً از [[مدل آب]] TIP4P یا TIP3P استفاده می کند .

یک ویژگی متمایز از پارامترهای اپلس این است که آنها به تناسب ویژگی های تجربی مایعات ، از جمله چگالی و گرمای تبخیر ، علاوه بر نصب پروفیل های پیچشی فاز گاز ، بهینه شده اند.

== پیاده سازی ==
پیاده سازی های مرجع در زمینه نیروی اپلس ، برنامه های BOSS و MCPRO است که توسط یورگنسن ساخته شده است. بسته های دیگر مانند تینکر ، [[گرومکس]] ، PCMODEL ، آبالون ، هایپرچم ، [[لمپس]] ، دزموند و نامد نیز میدان نیرو اپلس را پیاده سازی کرده اند.

== منابع ==

* {{Cite journal|vauthors=Jorgensen WL, Tirado-Rives J|year=1988|title=The OPLS Force Field for Proteins. Energy Minimizations for Crystals of Cyclic Peptides and Crambin|journal=J. Am. Chem. Soc.|volume=110|issue=6|pages=1657–1666|doi=10.1021/ja00214a001|pmid=27557051}}
* {{Cite journal|vauthors=Jorgensen WL, Maxwell DS, Tirado-Rives J|year=1996|title=Development and Testing of the OPLS All-Atom Force Field on Conformational Energetics and Properties of Organic Liquids|journal=J. Am. Chem. Soc.|volume=118|issue=45|pages=11225–11236|citeseerx=10.1.1.334.2959|doi=10.1021/ja9621760}}

[[رده:بیوانفورماتیک ساختاری]]
[[رده:شیمی محاسباتی]]
[[رده:دینامیک مولکولی]]